تأسس مجلس البحث العلمي عام 2005م بموجب المرسوم السلطاني رقم 54/ 2005 الذي قضى بإنشاء المجلس برئاسة صاحب السمو السيد شهاب بن طارق آل سعيد مستشار جلالة السلطان وعضوية عدد من أصحاب المعالي والسعادة ورؤساء الجامعات وممثلي القطاع الخاص وعدد من الشخصيات في قطاع الأعمال.
في ابريل 2010م صدر المرسوم السلطاني رقم (30/ 2010) والذي قضى بإصدار قانون مجلس البحث العلمي وبيّن المرسوم السلطاني أهداف المجلس والتي تتمثل في تنظيم شؤون البحث العلمي بالسلطنة والنهوض به ودعمه بمختلف الوسائل المادية والمعنوية وضمان مواكبته ودعمه لمتطلبات خطة التنمية الاقتصادية والاجتماعية. وقد وضّح المرسوم الاختصاصات التي يجب أن يقوم بها المجلس في تسعة عشر بندا تناولت بالتفصيل المهام الموكلة بالمجلس.